A forma correcta de escrita da palavra é "incomodar". A palavra "encomodar" está errada.

Devemos utilizar o verbo incomodar sempre que quisermos referir o acto de causar incómodo, irritação ou aborrecimento. Assim, incomodar é sinónimo de importunar, perturbar, apoquentar, irritar, aborrecer, chatear, amolar, entre outros.

A palavra incomodar tem sua origem na palavra em latim incommodare, devendo assim ser escrita com "I" inicial e não com "E". Também com "I" inicial deverão ser escritas todas as palavras cognatas de incomodar, bem como todas as formas conjugadas deste verbo.

Exemplos:
O barulho das obras do vizinho não vai incomodar?
Esse som alto durante todo o dia já me incomoda

* In Dúvidas de Português